给动物用药后，兽药以原形或代谢物通过粪、尿等进入环境，由于仍具生物活性，则会对土壤微生物、水生生物及昆虫等造成影响。甲硝唑、喹乙醇、土霉素、泰妙霉素、泰乐菌素等畜禽常用抗菌药，对水环境有潜在的不良作用，其中喹乙醇对甲壳细水蚤的急性毒性最强。阿维菌素类药物对低等水生动物、土壤中的线虫和环境中的昆虫均有较高的毒性作用。抗球虫药常山酮对鱼、虾等有很强的毒性。激素随排泄物进入环境成为环境激素污染物，如污水中的雌二醇能诱导雄鱼发生雌性化。
环境中动物残留的药物，可造成大量耐药菌株的产生，使动物失去对某些疾病的抵抗力，或污染动物饲料进而进入动物体内，造成残留和产生毒害作用。进入环境中的兽药被动植物富集，然后进入食物链，同样危害人类健康。有机磷和有机氯杀虫剂驱杀寄生虫时，动物的排泄物中的有机磷对生态环境的危害性很高，而有机氯在环境中能长期存在，易被动、植物富集并具有“三致”作用。已烯雌酚、氯羟吡啶在环境中降解很慢，能在食物链中高度富集，影响人类的健康。
有机砷制剂作为添加剂大量使用，随排泄物进入环境后，对土壤固氮细菌、解磷细菌、纤维素分解等均产生抑制作用。据预测，一个万头猪的猪场按美国FDA允许使用的砷制剂的剂量推算，若连续使用含砷的加药饲料，5～8年之后将可能向猪场周边排放近1T砷，这将使附近土地生产出的农产品砷含量严重超标。
