抗生素作为水产养殖中重要的抗细菌性疾病的药物，作为饲料添加剂曾经为水产养殖业的发展作出了主要贡献。但由于其残留、耐药性等负面效应的影响，已逐渐显示出阻碍水产养殖业可持续发展的趋势。
在水产养殖添加剂的使用上，滥用抗生素问题一直都备受关注。首先，滥用抗生素会使细菌产生抗药性（耐药性），这是指细菌对药物的敏感性下降甚至完全消失的现象。耐药性可分为固有耐药性和获得耐药性两种。固有耐药性是由细菌染色体决定的，它具有稳定的遗传性，可代代相传，故有绝对耐药之说。如肠道内的一些革兰氏阴性菌对早期青霉素天然耐药，链球菌对庆大霉素的耐药等。而获得性耐药是指细菌原先对抗生素敏感，但在长期接触抗生素后，由于选择压力，迫使其改变代谢途径，或自身的细微结构发生变化，以逃避抗生素的杀灭或扼制。
在水产养殖中，一些过去并不严重或者较少发生的细菌病现已升级为水产动物的主要传染病，这与长期滥用抗生素有直接关系。长期使用抗生素会造成水产动物机体免疫力下降，并使动物机体内的菌群失调、微生态平衡破坏，潜伏在体内的有害菌趁机大量繁殖，从而引起内源感染。而且，抗生素的代谢途径多种多样，但大多以肝脏代谢为主，经胆汁由粪便或尿液排出体外。一些性质稳定的抗生素被排泄到环境后仍能稳定地存在一段时间，从而造成环境药物残留。这些残存的药物，会通过水产品和水环境缓慢富集，最终以各种途径汇集于人体，导致人体内的细菌群落产生耐药性，失去对某些疾病的抵抗力，或因大量蓄积而对机体产生毒害作用。
随着抗生素的品种多样化及不断被广泛应用，养殖户长期在饲料中添加，会导致细菌与药物长期接触，造成耐药性的产生、耐药程度不断提高，甚至出现了多重耐药现象。
由于致病菌耐药性的不断增加，使抗生素的药效越来越低，使用标准给药剂量已经不能起到防病治病的作用，甚至完全无效，必须不断加大剂量才可能有效。这使得抗菌药物的寿命也逐渐缩短，因而人们不得不不断开发新品种以克服细菌的耐药性。
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